Во время клейстеризации структура зерен крахмала разрушается, и частично связанные в поперечном направлении бахромчатые мицеллы освобождаются. Эндо-р-глюканаза может расщепить эти сшитые бахромчатые мицеллы на р-глюкан (5), причем оптимальная для эндо-р-глюканазы температура составляет 45-50 °С. Благодаря удлиненной паузе при этой температуре, хорошо растворенному солоду и высокой активности эндо-р-глюканазы, большая часть р-глюкана переводится в растворенную форму, в связи с чем опасность гелеобразования уменьшается.